Este municipio ocupa la parte norte de la comarca del Alto Guadalquivir, a la que pertenece, extendiéndose desde el este al oeste comarcal.

La mitad oriental es de montaña, repoblada por coníferas, y pertenece al Parque Natural de las Sierras de Cazorla, Segura y Las Villas, llegando hasta los primeros tramos del río Guadalquivir, después de su nacimiento. La mitad occidental es tierra de cultivo, en la que domina el olivar.

Por el contrario, en las cercanías del Guadalquivir predominan los cultivos herbáceos de secano y los regadíos de vega.

La variada naturaleza de Santo Tomé hace que su término municipal albergue rincones de indudable interés, desde la alta montaña a los terrenos de vega, lo que le confiere al paisaje, la flora y la fauna una gran diversidad.

La actividad económica de la localidad está ligada a la agricultura y al turismo.